Het is het begin van de 19e eeuw en een handelsschip dat verloren leek, de Obra Dinn, duikt na drie jaar plotseling weer op. Alleen zijn alle zestig opvarenden verdwenen, van de kapitein tot de matrozen en passagiers. Als werknemer van een verzekeringsbedrijf is het jouw taak om te achterhalen wat er met ieder van deze personen is gebeurd, terwijl je langzaam maar zeker ontrafelt welk noodlot het schip heeft getroffen.